Понял тебя.
Эта проблема решается софтом - можно поставить Adobe Audition 3 - очень неплохая вещь, довольно проста в освоении, имеет как многодорожечный режим, так и режим редактирования каждого файла. Имеет хороший алгоритм обесшумливания, а так же (что важно) приближение вплоть до сэмплов, при этом показывает форму волны уже восстановленной - т.е. то, что будет на выходе ЦАП.
Она сама кладёт записываемый трек куда нужно - в одну дорожку кладёшь сигнал с гитары, на другом назначаешь запись и жмёшь Rec.
Однако, вставить отсчёт или щелчек в конце файла тоже не проблема.
