Лечится методом поиска фазировки.
Лечится изначально грамотной и продуманной топологией 
Ибо в таких конструкциях давно уже всё придумано, и примеров реализации полно.
Ну да, когда ты знаешь направление намотки и направления магнитного поля как например маркируют все фабричные выходники, то в серийных конструкциях все стабильно. Но в любительских и мелкосерийных когда ваяешь по ходу вылазят вот такие неприятности.