Во-первых, на выходе и входе в примочках должны стоять конденсаторы. Они разделяют части схемы по постоянному току. Это значит, что после выходного конденсатора можно поставить резистор хоть к плюсу, хоть к минусу, т.к. постоянки уже нет, а по переменому току плюс и минус питания - одно и то же (соединены конденсатором большой ёмкости).
Во-вторых, корпус всех педалей надо сажать не на плюс или минус, а на землю. Т.е. на тот провод, который заземлён в источнике. Отсюда следует, что резисторы до входного конденсатора и после выходного конденсатора тебе нужно садить на этот провод, и это решение твоей проблемы.
