Посмотри настройки микрофонного входа в микшере - вполне возможно, что включены какие-то улучшайзеры, авторегулировка уровня, подавитель обратной связи для гарнитур или ещё какая либо гадость. Очень часто на встроенном звуке такое встречается.
А вообще, лучше всего собрать простейший микрофонный усилитель типа PIAA из соответствующей темы в "Самых популярных и обсуждаемых".