Если реалии соответствуют схеме, то правильная частота указана на схеме. При этом частота дискретизации получается 44.1(возможно к ней привязано что-то в самом процессоре, поэтому при сильных отклонениях и не работает). А исходный кварц либо запускался на пониженной частоте(они же вроде все работают на гармониках), либо что-то ещё.
Я бы ещё поигрался резистором в 100Ом, который последовательно с кварцем. Ну и в принципе от грозы скорее не кварц сдох, а сама микруха с инверторами могла как-то подгореть. Хотя, если комбик во время грозы не был включен, то может и кварц(чисто механически). Поэтому если с 10мгц работало, то поставил бы его, а если какие-то мелкие проблемки были при этом, то тогда похоже надо точный искать.