Но одновременно он повышает и качество анализа
Ну, как сказать... Понятно, что если синус сгенерирован криво, то анализ эту кривизну и покажет. Но чтобы пресловутый таймстеп был как-то забит в математику анализа - это, я думаю, нет.
Я записывал сгенерированный синус в wav-файл, затем открывал его в редакторе Audacity и смотрел спектр встроенным в Audacity анализатором. Результаты сходились с анализом LTspice.
Но!!
Audacity ведь ничего не "знает" ни о предыстории, ни о таймстепе. У него своя математика. Отсюда следует предположение, что и в LTspice анализ и синтез разделены.