Потому, что на двух батарейках 27-вольтовый мотор отдаст не 400 ватт, а в лучшем случае - 250.
36 вольт для такого мотора не слишком большой перегруз, тем более, с учетом многочисленных электрических потерь, которые избежать наверняка не удастся.
А резвости явно добавится.
Схема близка к тому, что нужно.
Следует предусмотреть для нее питание не 12 вольт, а максимум того, что допустимо для 555-й, и для ШИМ-ключа - повышенное напряжение импульсов положительно скажется на скорости управления, и снизит потери переключения.
Кроме того, я бы пересчитал времязадающие элементы для того, чтобы частота ШИМ была порядка 5-10 кГц, а скважность выходных импульсов изменялась в максимально широком диапазоне, и предусмотрел дополнительный механический выключатель в цепи затвора силового ключа, связанный в "ручкой газа", для исключения "капельной" разрядки батареи при минимальных нагрузках - этого приведенная схема ШИМ-регулятора не обеспечивает.
И дополнительный совет: поменяйте тип силового ключа на противоположный, мотор посадите на общую, а не на плюсовую шину, ключ поднимите вверх. Тогда R3 будет запирать силовой ключ, а не открывать его. Это тоже положительно скажется на работе регулятора в целом.
Я бы, так же, разорвал цепь питания регулятора и силовую цепь. Силу, включая R3, и цепь питания/управления мотором, посадил непосредственно на "+" батареи, а 555-ю запитал через отдельный стабилизатор вольт на 20-25. В итоге питание мотора по "-" (масса) можно подать по металлической раме велика, а "+" хорошим медным проводом сечением не меньше 6-10 квадрат. Транзистор ключа обязательно снабдить радиатором, не смотря на то, что потери на нем, при грамотно построенных затворных цепях, не должны быть большими.