"...На хамбакере убираю громкость до пропадания флажолетов, добавляю гейн, а они не проявляются. Стало быть в данном случае не всё-равно, чем получен выходной сигнал с каскада раскачки..." - убиранием громкости во входную цепь примочки вводится резистор большОго номинала, который:
1) Гробит в ноль резонанс контура, образованного индуктивностью датчика и емкостью кабеля (плюс емкость входного каскада примочки).
2) "Облегчает" работу входного каскада, то есть на входе сигнал меньше, и каскад меньше влетает в ограничение/отсечку; как результат входной каскад генерит меньше гармоник, и работает в более-менее линейном режиме.
- Скорее всего, влияет вариант 1).
Если можно, схемы "визжащей" и "глухой" примочек - в студию. Полагаю, их входные каскады сильно разнятся.